总统为武装部队最高统帅，通过国防部长和三军联合指挥部统率全军。国防部长由总统任免，可为现役或退役军人。三军联合指挥部由三军司令组成，负责制定训练和作战计划。实行义务兵役制，服役期一年。现任三军联合指挥部司令内尔松·恩里克斯·戈麦斯（Nelson Enríquez Gómez）中将。陆军司令罗伯特·坦达索·格兰达（Robert Tandazo Granda）少将，海军司令埃克托尔·奥尔京（Héctor Olguin）海军少将，空军司令豪尔赫·爱德华多·莫雷诺（Jorge Eduardo Moreno）中将，警察司令何塞·比努埃萨（José Vinuesa）总警监。

　　总兵力约6万人。其中陆军3.9万人，编有4个师、14个旅。装备轻型坦克195辆、装甲车45辆、装甲运输车75辆、各型火炮1100门、飞机66架；海军1.1万人，设有3个海军军区，编有1个舰队、1个潜艇分队。装备各型舰艇33艘。陆战队1500人，编有3个陆战营。海军航空兵250人，装备各型飞机16架。空军8200人，设有3个军区、4个司令部。编有7个联队、16个中队。装备飞机150余架，其中作战飞机65架。另有海岸警卫队200人，预备役军人10万。
　
　　2006年军费为6.5亿美元，占国家预算的5.3％。